Com a idade de 20 anos, A. T. Jones prestou três anos de serviço ao Exército. De forma bastante interessante, ele gastou muito do seu tempo produzindo uma grande quantidade de trabalhos históricos das publicações dos adventistas e da Bíblia. Ele foi batizado quando deixou o Exército, e começou a pregar na Costa Oeste dos EUA.
 
Em maio de 1885, ele se tornou o editor do periódico Sinais dos Tempos (Signs of The Times), mais tarde ele uniu-se a E. J. Waggoner .Em 1888, estes dois homens mexeram com a sessão da Conferência Geral em Mineápolis com a pregação sobre a Justificação pela fé. Depois disso, durante vários anos eles pregaram da costa oeste a costa leste dos EUA sobre este assunto. Ellen White os acompanhou em muitas ocasiões. Ela viu na apresentação de Jones "o assunto precioso da fé e da justiça de Cristo... uma fonte de luz" (EGW 1888 Materiais, pág. 291).
 
Jones foi membro do comitê da Conferência Geral em 1897 editor chefe da Review and Herald de 1897 a 1901. Em 1889, com J. O. Corliss, ele falou contra uma lei em defesa do domingo como dia de observância no Congresso norte-americano; a lei foi derrotada. Depois disso ele passou a ser um defensor proeminente do direito de liberdade religiosa, servindo como editor e precursor da revista Liberdade (Liberty Magazine). Depois de ser o presidente da Conferência da Califórnia (1901-1903), ele uniu-se aos partidários de Dr. J. H. Kellogg contra os conselhos de E. G. White, um movimento que depois de umas séries de enganos infelizes e escolhas não inteligentes, motivou a sua saída dos cargos denominacionais e a perda da condição de membro da igreja. Jones permaneceu um guardador do Sábado sagrado e leal à maioria das outras doutrinas da igreja. Hoje ele é lembrado especialmente por sua participação na proeminente doutrina da justificação pela fé.