Em 1884 E. J. Waggoner se tornou editor assistente de Sinais do Tempos (Signs of the Times), tendo seu pai como chefe, J. H. Waggoner. Dois anos depois, ele e A. T. Jones tornaram-se editores do mesmo jornal. Waggoner permaneceu nesta posição até 1891. Na sessão da Conferência Geral de 1888 em Mineápolis, Minesota, ele e Jones deram as famosas séries de sermões sobre justificação pela fé.
 
Em 1892 ele se tornou editor da revista Verdade Presente (Present Truth) na Inglaterra, onde ele viveu até 1902. Enquanto esteve lá ele administrou, com W. W. Prescott, um treinamento de trabalhadores para escolas, e por pouco tempo foi presidente da Conferência Sul da Inglaterra. Depois de voltar aos Estados Unidos, ele fez parte do corpo de funcionários da Universidade Missionária Emmanuel (Emmanuel Missionary College).
 
Problemas familiares o conduziu ao divórcio e a um novo matrimônio, resultando no seu desligamento das funções denominacionais . Alguns usaram isto como um pretexto para desacreditar o seu testemunho positivo sobre a mensagem da justificação pela fé. A Sra. White uma vez o advertiu sobre o que poderia acontecer se ele fosse subvertido pelas tentações do inimigo. Apesar do que lhe aconteceu, a Sra. Whitedeclarou sobre a mensagem, "eu vejo a beleza da verdade na apresentação da justiça de Cristo em relação à lei como o doutor tem apresentado a nós." MS 15, 1888. Ela também disse, "Quando Deus deu a meus irmãos o fardo de proclamar esta mensagem, eu me senti profundamente agradecida a Deus, porque eu sei que esta é a mensagem para este tempo." SRA. 24, 1888.
W. W. Prescott foi o primeiro a tentar introduzir entre os pioneiros adventistas a doutrina pagã da trindade, adotada no cristianismo apostatado de Roma Papal e difundida pelo catolicismo, Romano. Na Conferencia Bíblica de 1919, logo a pós a morte da Sra. White (1915), Prescott deu uma série de estudos intitulados, "A Pessoa de Cristo". Estes estudos, promoviam o trinitarianismo pagão, porém não foi recebido universalmente pelos delegados. A discussão que se seguiu às apresentações de Prescott, foi bastante intensa. O Presidente da Conferência Geral, A. G. Daniells, tentando tranqüilizar as discussões declarou,: "Nós não vamos votar no trinitarianismo ou no arianismo, mas nós devemos pensar sobre isto." (Transcrito da Conferência Bíblica de 1919).
 
EmboraW. W. Prescott tenha tentado introduzir a trindade pagã entre os primeiros adventistas, resolvemos citá-lo por sua contribuição administrativa. Tem sido "exemplo" para aqueles que administram as instituições adventistas de hoje.